- A quoi ça sert un test biologique ?
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Un test biologique peut servir à beaucoup de choses : faire un diagnostic (affirmer la nature d'une maladie), surveiller un équilibre thérapeutique (la glycémie pour surveiller l’efficacité du régime hypoglycémiant ou l’efficacité des médicaments qui font baisser le sucre dans le sang), doser un médicament dans le sang (ou ailleurs), avoir des éléments de pronostic (pour avoir moins de risque de se tromper en prédisant l’évolution de la maladie, ou adapter le traitement)… C’est une détection, une mesure d’une caractéristique biologique qui peut être qualitative (Oui/Non) ou semi-quantitative (-/+/++/+++), ou quantitative (mg/ml par exemple), le tout avec une marge d'erreur. Dans la pandémie actuelle, l’enjeu des tests est important. Les décisions de poursuivre ou non les mesures de confinement reposent en partie sur ces tests, que ce soit leur utilisation individuelle (sommes-nous ou non porteurs et/ou contagieux ? sommes-nous ou non immunisés ?) que collective (quel pourcentage de la population a été en contact avec le virus ?). Une utilisation rationnelle et massive des tests pourrait probablement moduler la limitation des libertés que représente le confinement . Outre la surveillance de la progression de l’épidémie et de l’immunisation, on pourrait concevoir de délivrer des « passeports d’immunité » (Non, ce n’est pas comme à Koh-Lanta) aux personnes devant reprendre une vie professionnelle ou scolaire ou sociale exposée … Ainsi, la décision publique et la compréhension citoyenne de la stratégie nécessitent quelques connaissances qui ne sont pas du tout répandues, même si beaucoup de biologistes et méthodologistes en savent plus que moi sur le sujet, (et me corrigeront je l'espère si besoin).
- Comment on juge les qualités d'un test biologique ?
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Les tests, et en particulier les tests biologiques, ont un certain nombre de caractéristiques qui en définissent les qualités . La sensibilité est le pourcentage de cas ou le test est positif quand il doit l’être. Un manque de sensibilité donne des faux-négatifs (test négatif alors qu’il est censé être positif). Un test très sensible sera positif dans tous les cas ou il doit l’être, au prix, parfois de ce qu’on appelle les faux positifs, ou le test est positif alors qu’il ne devrait pas l’être… Avoir peu de faux positifs est le fait d’un test dit spécifique. Il ne « s’allume » pas pour un oui ou pour un non.
Idéalement, un test est donc spécifique et sensible, mais, le plus souvent, ce n’est pas possible. Il faut donc choisir en fonction de ce qu’on veut faire des tests. Ici, un test repérant toutes les personnes porteuses du virus (cf plus bas), éventuellement en en sur-diagnostiquant un peu (pas trop !) serait acceptable. Pour ce qui est de l’immunité, il serait fâcheux de rassurer quelqu’un en lui disant qu’il est immunisé s’il ne l’est pas.
Idéalement, un test est donc spécifique et sensible, mais, le plus souvent, ce n’est pas possible. Il faut donc choisir en fonction de ce qu’on veut faire des tests. Ici, un test repérant toutes les personnes porteuses du virus (cf plus bas), éventuellement en en sur-diagnostiquant un peu (pas trop !) serait acceptable. Pour ce qui est de l’immunité, il serait fâcheux de rassurer quelqu’un en lui disant qu’il est immunisé s’il ne l’est pas.
- Le test par PCR
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Le principe du test SARS-Cov-2 par PCR (Polymerase Chain Reaction) est de détecter le génome du virus (ADN ou ARN), sa présence, indépendamment de l’organisme (ou de l’échantillon ) qui l’héberge. Brièvement, on déclenche artificiellement dans un échantillon préparé une multiplication des acides nucléiques en leur fournissant des « amorces ». Ce sont ces amorces qui n’existent (pour ce qui nous concerne) que dans le virus recherché, et qui font la spécificité du test et qui font qu’on peut dire que quand la PCR est positive, le virus est là (sauf… faux positif). Le virus a été séquencé dès Janvier , on a donc eu (grâce aussi probablement aux banques de données sur le génome humain) très rapidement les amorces spécifiques du virus permettant de faire des PCR. La détection de l’ARN de ce virus ne signifierait pas pour autant qu’il s’agisse d’une particule virale infectante, car les acides nucléiques peuvent circuler dans le sang sans être contenus dans une cellule, donc sans être infectants.
- La sérologie
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Suite à l’arrivée du virus, l’organisme déclenche une réaction immunitaire, notamment en sécrétant des protéines appelées anticorps. Leur détection s’appelle la sérologie. Ces anticorps sont mutiples, dirigés contre différents constituants (antigènes : protéine S, protéine N, etc… du virus). Ils apparaissent entre 4 jours et 2 semaines après l’infection par le virus. En fonction du rôle de la protéine virale contre laquelle l’anticorps est développé, celui-ci pourra être protecteur contre une réinfestation virale. Dans les autres cas, la présence de cet anticorps ne sera que le témoin du contact entre l’organisme et le virus, sans pouvoir affirmer la protection. Ces anticorps peuvent être des témoins précoces de la réaction immunitaire (IgM), plus tardifs (IgG) ou localisés dans les muqueuses (IgA), tout en gardant la même cible antigénique. Pour tester leur caractère protecteur, il y a une question de quantité d’anticorps présents, mais on utilise aussi d’autres tests encore plus complexes, dits de séro-neutralisation. Là, il s’agit de mettre en présence le serum à tester avec le virus et de voir si celui-ci garde son caractère infectant sur des cellules sensibles (avec contrôle : on teste avec et sans le serum).
- A quoi servent-ils dans le cas présent ?
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Ces tests sont importants pour savoir qui a eu le virus (PCR ; même si la personne n’a pas été symptomatique) et qui en est protégé (sérologie). Enfin ça, c’était avant. La routine, pour une infection est que, lorsqu’on l’a « croisée » (sous forme de maladie ou de vaccin), on soit armé (notamment par des anticorps) pour se défendre lorsqu’on la rencontre à nouveau. Pour le SARS-Cov2, cela semble plus compliqué. Il fait partie des coronavirus dont les virus « habituels » sont ceux du rhume « bénin ». Celà évoque bien, vu que nous attrapons des rhumes chaque année, que l’immunité ne dure pas. Il est tout à fait possible que cela soit la même chose avec ce virus par ailleurs nettement plus dangereux. Ce qui semble sûr, c’est que certains patients ont des taux très faibles d’anticorps après l’infection. Chez certains, on suspecte même une « réactivation » virale, sans qu’on sache très bien pour le moment s’il s’agit du même virus dont on a faussement conclu à la disparition, de faux-positifs, d’une nouvelle infection par un autre virus, voir au pire d’une infection bactérienne secondaire à l’infection virale … Donc le concept de « passeport immunitaire » semble à l’heure actuelle un peu faible pour en déduire formellement un déconfinement total de la personne…
- Comment sont-ils développés ?, dans quel objectifs et quels problèmes celà pose-t-il ?
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Ces tests étant souvent mis au point au démarrage dans des laboratoires spécialisés (et/ou de recherche) non dédiés à la production industrielle, leur développement doit être suivi d’étapes de vérification, calibration et standardisation avant la commercialisation. On retrouve par exemple des valeurs de sensibilité allant de 67 à 93 % et de spécificité allant de 80 à 100 %. L’objectif de la standardisation est de pouvoir interpréter les résultats entre différents laboratoires, dans différents études cliniques, évaluer les candidats-vaccins, et aussi, de prendre des décisions, par exemple de quarantaine ou de déconfinement. Il est donc important que les autorités sanitaires « valident » les tests qu’ils autorisent dans le pays, le marquage CE n’étant seulement témoin que du respect des législations européennes. La HAS a défini récemment des critères pour évaluer la fiabilité des tests sérologiques. Le site du"Centre National de Référence des virus des infections respiratoires de l'Institut Pasteur" précise par ailleurs que "plusieurs équipes de recherche, dont celles de l’Institut Pasteur et d'autres organismes de recherche, travaillent sur le développement de tests sérologiques (moi, ça m'a fait tiquer, pas vous ?). D’autres points sont à considérer dans la mise à disposition des tests : leur rapidité pour donner un résultat, leur disponibilité, bien sûr, et leur coût. On se heurte (de nouveau) semble-t-il aux affres de la propriété intellectuelle car plusieurs compagnies sont « sur le coup », et quand différentes compagnies ont mis au point des tests, tous les réactifs ne sont pas compatibles avec toute les machines. Enfin, on refuse pour le moment d’autoriser le recours pour effectuer ces tests à 75 laboratoires publics dimensionnés pour travailler à grande échelle (« par troupeaux ») utilisant des machines ouvertes acceptant plusieurs types de réactifs. La raison ? (Une des raisons, au moins) : ce sont des laboratoires de biologie médicale vétérinaire, qui souvent n’ont pas de médecin biologiste affilié. Une histoire de lobbying ?
En prime, je vous joint un article décrivant la gestion des tests, et qui ne rassure pas tellement. Notamment parce qu'il est crédible...
Tests Covid-19 la défaillance organisée au sommet de l’Etat.pdf