Un traumatisme comme des courbatures n'est que lésions des tissus et n'apporte rien au système immunitaire (production de globules blancs, anticorps,... ). Des organes bien stimulés et en bonne santé auront une réaction bien plus efficace sur un virus ou autre.
La respiration et la circulation sont permanent. C'est même vital. Mais le travail de la respiration permet une profondeur et une amplitude, certes ponctuelle, mais extrêmement bénéfique pour le corps entier, même pour l'esprit. La circulation permet l'évacuation des déchets et l'apport aux organes d'énergie (nutriments, oxygène,...). Des organes "propres" et bien alimentés fonctionnent mieux. Faire circuler de manière plus intensive lymphe et sang fait un peu l'effet d'un nettoyage.
A cela, j'ajoute même que lorsque l'esprit va bien, le corps est en meilleur santé, plus fort. Le fait de travailler la respiration, la souplesse, de se bouger un minimum, aide grandement à l'état d'esprit (effet relaxant, endorphine, etc... )
Bref, c'est un tout. Cela n'empêchera pas d'attraper un rhume, mais le temps passé à être malade sera bien plus court et probablement moins handicapant.
(pour faire court

Edit: Un peu comme un massage de l'intérieur, des organes.